| 南通水文分局成立于1957年（原名江蘇水文總站南通分站），是省水利廳、省水文水資源勘測局的派出機構，管理南通地區所轄范圍內的水文測站。并設立江蘇省水環境監測中心南通分中心、江蘇省南通水情分中心和江蘇省水土保持生態環境監測總站南通分站。
2012年1月，經省、市水利行政主管部門的共同努力，南通市編委批準同意增掛南通市水文局的牌子，南通水文分局實現省、市雙重管理。
分局內設置辦公室、站網科、水質科、水情科、水資源科等5個職能科室及城區、海安、如東等3個監測中心。在南通區域范圍內共設有9個國家級重點水文站、3個省級水文站，15處水位站、23處雨量站、3處蒸發站、66處地下水位監測站和211處地表（下）水質監測站。具有水文水資源調查評價乙級、建設項目水資源論證乙級、測繪丙級資質以及國家計量認證資質證書。
南通分局定編55人，現有在編職工51人，其中高級工程師22人，工程師6人。另有聘用合同制職工20人，退休職工29人。
南通分局被授予江蘇省文明單位、江蘇省水利系統文明單位、江蘇省檔案工作三星級單位、南通市文明單位等榮譽稱號，相繼被表彰為全國水利系統模范職工之家、全省水利系統模范職工之家、省水利廳系統保密工作先進單位，第一黨支部被表彰為省級機關先進基層黨支部、全省水文系統先進基層黨組織，局屬水質科一直保持著省級機關青年文明號，分局工會在“建功十三五，創新促發展”活動中榮獲優秀競賽單位三等獎，辦公室、水情科、水資源科被南通市總工會表彰為模范職工小家。 |
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